Das wahre Alter der Stadtkirche ist durch die Vernichtung aller alten Unterlagen im 30-jährigen Krieg nicht nachweisbar.
Man kann aber heute noch, wenn man sich das bunte Kirchenfenster im Turm von außen besieht, einen „Spitzbogen“ erkennen. Dieser ist zwar beim Einsetzen des jetzigen Kirchenfensters zugemauert worden, aber noch deutlich erkennbar.

Daraus kann man schließen dass die erste an dieser Stelle gebaute Kirche im gotischen Spitzbogenstil erbaut wurde. Der gotische Baustil war von ca. 1250 bis 1500 üblich. Die Namensgebung der beiden Kirche ist in der Vergangenheit etwas unklar gewesen. 1448 wurde z. B. die Kirche auf dem Berg auch einmal St. Bartholomäuskapelle genannt und 1528 werden die Namen St. Andreas Pfarrkirche und St. Katharinenkapelle in einer Visitationsakte als die Namen der Ummerstadter Kirchen angegeben. Bei der Einweihung 1748 wurde die Stadtkirche als Kirche „Zur heiligen Dreifaltigkeit“ bezeichnet. Wie dem auch sei, durchgesetzt hat sich der Name „St. Bartholomäuskirche“.
Wann die Kirche dem Apostel Bartholomäus gewidmet wurde ist nicht überliefert. Bartholomäus soll in Persien möglicherweise auch in Indien aber auch in Armenien und Ägypten gepredigt haben. Er soll 71 n . Chr. in Albanien den Märtyrertod gestorben sein. Der Legende nach wurde er dadurch zu Tode gefoltert indem man ihm die Haut abgezogen hat.
Auch mit St. Bartholomäus sind einige Wetteregel verbunden (z.B.: „Wie Barthel sich verhält, ist der ganze Herbst bestellt“ oder „Bleiben die Störche über Bartholomae, so kommt ein Winter, der tut nicht weh“).
Namenstag ist der 24. August. Bartholomäus gilt als Patron von Städte Altenburg, Frankfurt am Main, Pilsen, Geraadsbergen, Maastrich, Ketting, Wiehe, Görwihl, Büchenau und Markranstädt, aber auch für die Liparischen Inseln. Er gilt als Schutzheiliger der Bergleute, Gipser, Bauern, Winzer, Hirten, Lederarbeiter, Gerber, Sattler, Schuhmacher, Schneider, Bäcker, Metzger, Buchbinder und in Florenz auch der Öl- und Käsehändler. Er wird gerne bei Haut- und Nervenkrankheiten angerufen und soll bei Zuckungen helfen.
Die erste an diesem Platz stehende Kirche war sicher kleiner als der heutige Kirchenbau, denn um das Gebäude war eine Mauer gebaut. Innerhalb dieser Mauer begrub man zunächst auch die Toten. Um 1578 wurde der Friedhof auf den Berg zur St. Andreaskirche verlegt.
Das damalig neben der Kirche stehende Haus, die spätere Schule, war entsprechend kleiner und wahrscheinlich nur einstöckig. Diese Kirche wurde neben anderen Gebäuden bei dem Überfall Wallensteinscher Truppen im September 1632 durch Brand vernichtet. Die Brandstifter, kaiserliche und kurbayrische Truppen, vernichteten nicht nur die Stadtkirche, sondern auch das Rathaus mit allen Urkunden, dass Pfarrhaus mit den Kirchenbücher und mehrere andere Gebäude.
Pfarrer Laurentius Dietz notierte 1745 als er über die Bauarbeiten zur jetzigen Kirche schrieb, über die Reste der „alten“ Kirche: „…hat man bei Nachsuchung des Grundes der abgebrochenen Kirche in der Mitte von beiden Seiten zwei spitzig geführte Oberteile von Türen mit eingegraben und eingemauert gefunden, welche zwar keine Aufschrift angezeigt, wohl aber nach ihrer Arbeit als ein großes Altertum anzusehen sind…..“ Die Überreste sind leider verloren gegangen.
Bei dem Brand der Kirche sind auch die fünf Glocken geschmolzen. Man borgte sich 50 fl vom Stadtschreiber Christoph Meyer, ließ das Glockenerz reinigen und verbarg den Erzkuchen, der ein Gewicht von ca.22 Zentner hatte, unter den Stühlen der St. Andreaskirche. In ruhigeren Zeiten wollte man daraus wieder Glocken gießen lassen. Es wurde dort aber gestohlen. Man hatte zunächst feindliche Soldaten in Verdacht, doch es stellte sich heraus, dass es Bürger der Stadt waren. Sie wurden überführt und hart bestraft.
Da man keine Kirchenglocken hatte musste das Rathausglöckchen acht Jahre lang an Stelle der Kirchenglocken läuten. Die Rathausglocke hatte den Brand überstanden und wurde jetzt von Eingangsturm des Friedhofes geläutet. Später (1640) lieh man sich zwei von den drei Glocken aus Poppenhausen. Der Ort war zu diesem Zeitpunkt öd und leer. Eine dieser Glocken wurden am 16. Dezember 1656 zurückgegeben. Pfarrer Christpoh Hermann und die Ummerstadter Bürger Nikolaus Schmidt und Hans Obenberger baten das geistliche Untergericht in Heldburg  darum, dass  man ihnen „aufgrund beschehener Situiaton“ eine der Glocken noch so lange lassen möchte, bis sie selbst eine neue beschafft hätte. Die Bitte wurde ihnen gewährt.
1651, also nur drei Jahre nach dem Ende des 30-jährigen Krieges, machte man sich an den Wiederaufbau der Stadtkirche. Die dazu benötigten Mittel wurden durch Spenden der Bürgerschaft, durch Zuschüsse der umliegenden Gemeinden und durch Sammlungen (man schickte zwei Bürger, den Schuster Wolf Neder und den Schneider Kl. Schulheiß fort  um Geld für den Kirchbau zu sammeln) im „hennebergischen, eisenachischen, gothaischen, weimarischen und altenburgischen Lande“ beigebracht. Ja sogar in Regensburg und Augsburg wurde für den Aufbau der Kirche gesammelt.
Der Turm wurde ausgebessert und mit einem neuen Dach versehen, wobei sich der Zimmermeister Bernhard Weingärtner aus Rieth, der die Arbeiten verrichtete, den Kirchturm von Walbur als Vorbild genommen haben könnte, denn man fand in der Baumeisterrechnung einen Posten von 9 Gr 10 Pfg, die der Zimmermeister berechnete, weil er mit seinen Gesellen „in Walbur wegen der welschen Haube“ gewesen sei.
Das Mauerwerk (Herstellung des oberen Stockwerkes und eines Kreuzgewölbes, sowie Ausbesserung der Sakristei und der ausgebrannten Turmwand) wurde von Albrecht Tagno einem Maurer aus dem „Welschland“ (möglicherweise Italien) durchgeführt.
Das neue Kirchenschiff wurde in ähnlicher Weise an den zum Teil stehen gebliebenen Kirchturm angebaut, wie es vor dem Brand gewesen war. Es war sicher nicht so groß wie das heutige. Das Dach ist wohl zwischen denn 2. und 3. Steinring die den Kirchturm umschließen an den Turm angeschlagen worden.
Die Arbeiten waren 1654 abgeschlossen.